グループ会社毎に違うドメイン(サブドメイン含む)のメールアドレスを持っている場合、各社ごとに登録が必要ですか

こちらに関しましては、上記のご認識の通りでございます。
CYASは1ドメイン1アカウント(FQDN)となっており、複数ドメインへの配信はできません。
ドメイン(FQDN)ごとにCYASのユーザー登録を行い、ご運用ください。
また一度に複数ドメインへ配信される場合、別途「プライベートプラン」をご用意しておりますので、ご希望の場合はお問い合わせください。